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L'historiographie du Japon (日本史学史, Nihon shigakushi)[n 1] est l'étude des méthodes et des hypothèses formulées dans l'étude et l'écriture de l'histoire du Japon.
La première production écrite est attribuée au prince Shōtoku, qui aurait composé le Tennōki et le Kokki en 620. Cependant, le premier ouvrage dont l'existence est avérée, le Kojiki, date de 712. Il est suivi dès 720 par le Nihon shoki. Ces deux ouvrages posent les bases d'une histoire, en grande partie mythique, du pays, qui sert par ailleurs de base à la mythologie shinto. Inspirés par l'historiographie chinoise, ils sont rédigés avec le soutien de l'État japonais. Le Nihon shoki est complété par cinq autres ouvrages publiés entre 797 et 901, connus collectivement sous le nom de Rikkokushi ou Six histoires nationales.
La période qui s'étend du IXe siècle au XVIe siècle est marquée par un abandon des écrits inspirées de l'historiographie chinoise et soutenues par l'État. Les contes historiques ou Rekishi monogatari et les contes de guerres ou Gunki monogatari connaissent une vivacité importante, et des œuvres comme Les quatre miroirs ou Shikyō (rédigés du XIIe siècle au XIVe siècle) ou le Heike monogatari (1371) jouissent d'une grande popularité. Ces récits historiques sont complétés par d'autres formes artistiques comme le théâtre No ou les emaki.
Au début de l'époque d'Edo la prééminence des écoles néo-confucéennes s'affirme. Celles-ci apportent une méthodologie sans équivalent à l'époque, très critique vis-à-vis d'ouvrages comme le Kojiki mais ne sortant pas du cadre de la théorie du mandat du Ciel. Les Hayashi ainsi que la jeune école de Mito en sont alors les principaux représentants. Le milieu du XVIIIe siècle voit le retour de l'école nativiste ou Kokugaku, d'inspiration Shinto. Portée par les travaux de Motoori Norinaga, elle s'oppose aux néo-confucéens en cherchant à démontrer la véracité des grands traits de la mythologie shinto, en particulier l'âge des dieux et les premiers empereurs.
L'historiographie japonaise s'ouvre aux influences occidentales dès la fin du XVIIIe siècle. Les Rangaku, puis les traductions d'ouvrages européens à partir du milieu du XIXe siècle et l'introduction de l'historiographie allemande par Ludwig Riess en 1887 apportent de nouveaux outils d'analyse aux différentes écoles japonaises de l'époque. Alors que l'empire du Japon est installé, des historiens remettent en question, au péril de leurs libertés académiques, l'un des fondements idéologiques du nouveau régime : la place des mythes nationaux dans l'histoire du pays.
Les idées marxistes, déjà introduites dans les années 1920 et renouvelées par les travaux de Hisao Ōtsuka font leur retour durant les années d’après-guerre. À partir des années 1970, une diversification des thèmes de recherche est notable, bientôt accompagnée par une résurgence d'approches conservatrices, voire nationalistes.
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